Blackphone bygger sina telefoner kring en egen version av Android som man kallar för Silent OS, och där högsta fokus är integritet. Det yttrar sig bland annat genom att man ner på detaljnivå kan styra vilka data olika appar har tillgång till. Den här gången har man också tagit mer sikte på företagsanvändning, med möjlighet att skapa säkra utrymmen för företagsdata, persondata eller appar för sociala nätverk.
Man har också försäkrat sig om stöd för ett antal olika administrationsverktyg, som Citrix, Mobileiron och Good. Blackphone 2 har också stöd för Android for work.